Helsingin yliopisto on yksi maailman johtavista monitieteisistä tutkimusyliopistoista. Helsingin yliopisto kuuluu ainoana suomalaisena yliopistona vuonna 2002 perustettuun Euroopan parhaiden tutkimusyliopistojen liittoon LERUun League of European Research Universities. Tohtorikoulutettavat tekevät väitöstutkimustaan huippututkijoiden ohjauksessa osana kansainvälistä tiedeyhteisöä.

Tohtorikoulutusta varten yliopistossa toimii neljä tutkijakoulua, joissa on yhteensä 32 tohtoriohjelmaa. Tohtorin tutkintoon kuuluu tutkimustyön lisäksi oman tieteenalan opintoja sekä työelämään valmentavaa koulutusta ja uraohjausta. Tohtorikoulutuksessa opetuskielenä on pääosin englanti. Yliopistossa on 4700 tohtorikoulutettavaa, joista neljännes on kansainvälisiä opiskelijoita. Vuosittain valmistuu 450 tohtoria.