Helsingin yliopisto on Suomen suurin kilpaillun tutkimusrahoituksen saajayliopisto. Tutkimusrahoitus koostuu valtion perusrahoituksesta, kilpaillusta täydentävästä rahoituksesta sekä yliopiston omista varoista. Yliopiston tutkijat menestyvät erittäin hyvin täydentävän tutkimusrahoituksen hankkimisessa, mikä kertoo tutkimuksen korkeasta laadusta. Esimerkiksi Suomen Akatemian myöntämästä tutkimusrahoituksesta Helsingin yliopiston osuus on noin kolmannes. Merkittävimmät yliopiston ulkopuoliset tutkimusrahoittajat ovat Suomen Akatemia, Tekes, Euroopan unioni sekä säätiöt. Tärkeä pohjoismainen rahoittaja on NordForsk.